工場移転について最も面倒なのは、税務と税関の問題である。企業は、移転元の税務主管機関に移転申請書を提出した後、所得税の清算納付と直近一期の増値税の申告作業を完了し、税務機関に帳簿検査且つ関連領収書の取上げを行うことに協力し、その後に始めて税務機関からの転出同意書を受け取ることができる。

但し、注意する必要があるのは、移転元の税務主管機関にて抹消手続きを申請してから、新たな税務登記手続きが完了するまでの間、従来の領収書が既に抹消され、新しい領収書がまだ受領されていないので、企業が領収書を発行することができなくなり、企業の日常業務の展開に影響することである。その他に、増値税の申告漏れが許されないため、前期の増値税申告の完了後から、今期の増値税申告時期の開始までに、新たな税務登記手続きを完了しなければならない。手続きに時間的圧力が加わり、並びに業務に対する衝撃をもたらす可能性がある。これにより、税務問題はすでに移転する各工場に対して始めに直面する課題になってしまう。

次に、税関に関わる免税機器設備の移転問題も企業を悩ませている。外資系企業が自ら免税設備を輸入し、もし移転する時点で既に税関監督管理期間が過ぎた場合は、税関移転の手続き完了後、新住所へ直接に搬送することができる。但し、監督管理期間中の免税設備については、税関の規定に従い免税設備の結転手続きを行なわなければならない。各地の税関において、免税設備に対する結転手続きは異なっているので、工場移転中に先ず移転先の税関主管機関との意思疎通を行ない、具体的な手続き方法を確認し、且つ設備移転中に専門的な監督管理車両を使用し運送する必要があるかについて確認しなければならず、さらに移転元の税関に免税機器設備の結転手続きを申請し、最後に移転先の税関主管機関にて「免税」の手続きを申請する。

ここで取り上げておきたいのは、一部の日系企業は、工場移転中も正常通りの営業を行なうため、事前に新住所で工場を登録し、もって領収書の取得申請を行い、又は免税設備を移転先への結転、或いは移転先税関の監督管理を申請し、その上で新会社或いは支社の名義を利用し業務を運営し、工場移転が完了し経営が軌道に乗ったことを確認した後に、新工場或いは支社を抹消することである。もし工場新設を選択する場合、新工場にとって登録資本金の払込が問題になることに留意しなければならない。他方では、新設工場が奨励類項目の確認書を順調に取得できるか否か、いわゆる充分な免税設備限度額を持つことができるかは未知数である。万が一、本来加工貿易のA類企業に属している場合、このようなやり方はまったく妥当ではない。なぜなら、新工場は直接A類企業の認定資格を取得することができず、また保証金の「空転」による資金繰りの優勢を利用することもできないからである。