正直にいえば、中国における企業合併に係わる納税の問題は、合併の法律上の手続より遥かに重要である。なぜならば、外資企業にとって、最も関心しているのはやはり合併がどのように企業所得税に納税上の影響を及ぼすことである。しかし、外資企業が合併後にどうやって企業所得税を納付することについて、現在の法律法規は未だ原則的な規定しかなくて、具体的にはっきりしていない。そのため、各地の税務機関は合併後の納税についてそれぞれの解釈があり、実務上も異なっている。

まずは、「二年免除と三年半割」等の外資企業税務特典の継続に関する問題である。合併する前の各社のそれぞれの税務特典は、合併後にどのように適用するか。簡単に言えば、（1）合併する前にそれぞれの税務特典が既に終わった場合、合併後に特典を続けて適用できない；（2）合併する前にそれぞれの税務特典がまだ終わっていない場合、合併後に同じの条件の下で特典を続けて適用することができる；（3）合併する前にそれぞれの税務特典がまだ終わっていないが、それぞれの企業所得税率又は特典期限が異なる場合、「帳簿区分」という原則によって納税するものとする。「帳簿区分」の基準は税法によって、（ア）年度営業収入；（イ）コスト及び費用；（ウ）資産；（え）職員の人数；（オ）給料の総額；（カ）上述基準の平均比例によって計算すること。いったいどれを「帳簿区分」の基準にするかのは、企業と税務局の協商による。税務局は会計士が提出した合併に関する監査報告によって、企業に最も有利な範囲と政府側が最も合理的だと思う範囲との間に区分比例を決める。

たとえば、甲社の合併前の税率が15%であり、「二年免除と三年半割」の半割徴収期にあり；乙社の税率が24%であり、全税期にあるものとし、甲社が乙社を合併し、乙社が消した場合には、甲社が存続企業になる。仮で両社の営業収入が相当であり、また、合併後の帳簿区分の基準を業務収入にすると税務局に認定されれば、その企業所得税の納税基準は50%が前の甲社の納税条件に基づき、50%が前の乙社の納税条件に基づくものとする。

企業が合併する前に欠損がある場合、税法規定の5年の欠損補填の期限内に合併後の存続企業によって続けて補填することができる。合併後の企業が異なる税率の地域で営業機構（販売型の支社）若しくは異なる税率や異なる税務特典を適用する工場を持つ場合、上述した通りに帳簿区分によって所得及びその企業所得税を計算すべきである。

そして、合併の基準日の選びも重要である。なぜならば、それは税務局の合併納税に関する判断へ直接に影響を与えるからである。たとえば、企業の合併基準日を年末の12月31日にした場合、合併後の企業は翌年の1月1日から上昨年度の監査報告によって納税すべきな所得額の比例を決め、企業所得税を納付するができる（企業がよく自分に有利な帳簿区分の比例を申告するから、税務局の認定した結果と違うことは多い）。合併の基準日を年中にした場合、たとえば6月30日にし、各地の税務局はそれぞれの判断がある：ある地域の税務局は企業が合併による消したため、特殊の決済納付後に合併された企業の税務の取消手続を行うべきだという観点を持つ。これに対し、企業が合併基準日を決めた後、まず税務上の取消手続を行い、決済納付を年末にすべきであり、6月30日から年末までの間に合併する前のそれぞれの企業所得税率に基づき先に納付し、年末に税務局から認められた帳簿区分の比例に基づき納税し、最終的な決済納付を通じて調整すべきという観点を持つ地方税務局もある。