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企業所得稅向來是大陸稅務局查稅重點，對台商來說，除了引用稅收優惠政策是否正確外，最常被大陸稅務局質疑的企業所得稅問題，應該是「收入核算」與「費用認列」是否正確兩大重點。

一、收入核算
台商常見收入核算問題有三大類，首先是「收入確認」，由於稅法與會計核算對企業日常經營活動的收入確認原則一致，台商在收入確認核算上，只需注意「及時性」及「完整性」即可，實務中，台商常為了晚點繳納增值稅，以開票時間作為確認收入時間點，不是以發貨或物權移轉作為確認收入時間點，導致被稅務局認定為延遲確認收入。

其實只要通過收入成本配比關係、成本結構變化、主要原料的投入產出比等，稅務局就可以分析出台商的收入核算是否及時、完整；若是以外銷為主的台商，稅務局還會特別關心，是否有通過境外關聯交易，以人為手段降低銷售價格，從而減少營業收入達到少繳企業所得稅的情況。

其次，「視同銷售」也是台商很容易忽略的稅務風險，當公司的產品用於作為樣品、贈品，或交際應酬、職工獎勵或福利、對外捐贈等，會計核算直接以成本價計入相對應的費用支出科目，台商在企業所得稅匯算清繳時，若有上述情況卻未按視同銷售進行確認收入納稅，那等於既少計了營業收入，也減少了業務招待費扣除限額，很容易被稅務局認定為未正確申報收入及成本，導致少交企業所得稅，而「其他收入」也是台商企業所得稅常見的稅務問題，例如不再支付的應付款項、收回以前年度已核銷的壞帳、廢料銷售等。

二、費用認列
台商因費用認列不當，導致被企業所得稅被查稅情況也很常見，首先是銷售成本問題，因為台商為了少繳稅，常任意變動成本計算方法，隨意多結轉銷售成本，導致存貨實際庫存遠高於帳冊金額，造成毛利率異常，引起稅務局關注。

還有，台商透過向境外支付服務費也常被稅務局要求解釋，這都是因為支付境外服務費的實際稅率低於境內企業所得稅率，台商須準備好向稅務局說明支付境外服務費合理性和真實性的文件，例如該服務費與公司生產經營是否有關？是否真能讓境內的台資企業受益？還有要準備好境外供應商服務的真實性證明資料，如合同、供應商經營範圍及技術能力、相關部門出具的鑑定報告等。

未取得合法扣除憑證、發票，也是台商費用認列常見弊端，台商在進行企業所得稅匯算清繳時，若未補充提供成本與費用相關的有效憑證，就有可能引起稅務局關切。

最後是台商為了增加費用少繳稅，常將與生產經營無關的支出通通入帳，像是員工私車公用的保險費及維修費、代墊運費、租用房屋替房東代為承擔的稅金、高管個人生活費用、鼓勵員工拿生活發票到公司報銷作為獎金，甚至直接為關聯公司承擔費用等，這些費用都會遭到稅務局剔除進而要求補稅。