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台商個人除在台灣要申報個人所得稅外，在大陸也有個人所得稅年度匯算申報的義務，在2022年2月8日大陸稅務總局發佈的1號文《關於辦理2021年度個人所得稅綜合所得匯算清繳事項的公告》中，明確個人綜合所得匯算清繳時間，為2022年3月1日至6月30日。

要注意的是，台商個人若在匯算期結束後仍未申報並補繳稅款，稅務機關除要求補繳稅款並加收滯納金外，還會在《個人所得稅納稅記錄》中標註，影響個人納稅信用。

以下是台籍個人所得稅匯算清繳須注意的重點：

一、只有符合大陸稅務居民條件的台籍個人才要辦理年度匯算清繳
非稅務居民的台籍個人無需辦理年度匯算清繳，所謂稅務居民，是指一個納稅年度內，在大陸境內居住累計滿183天的台籍個人。

二、僅就工資薪金、勞務報酬、稿酬、特許權使用費計入年度匯算
並不是所有個人收入都要納入年度匯算範圍，僅工資薪金、勞務報酬、稿酬、特許權使用費四項個人所得要進行匯算清繳，在日常已預繳稅款的基礎上｢查遺補漏、匯總收支、按年算帳、多退少補」。

要注意的是，台商個人若有取得財產租賃、解除勞動合同補償金、選擇單獨計稅的全年一次性獎金等個人收入，都可不計入年度匯算。對符合條件的子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或住房租金、贍養老人等專項附加扣除，及商業健康保險、公益慈善事業捐贈等支出，若在日常申報或發生時未申報扣除或未足額扣除，就可在年度匯算期間填報扣除或補充扣除。

三、何種情況需進行年度匯算
台商個人如果2021年度已依法每月預繳個人所得稅，且年度綜合所得收入不超過人民幣12萬元，或年度匯算應補稅金額不超過人民幣400元，或可退稅但不申請年度匯算退稅，都可免辦理年度匯算申報，但如果取得的個人所得，存在扣繳義務人未依法預扣預繳稅款，就不得免辦年度匯算清繳。

對申請年度匯算退稅，或2021年度內，取得的個人所得收入超過人民幣12萬元，且補稅金額超過人民幣400元的台商個人，都須進行個人所得稅的年度匯算申報。

實務中，台商個人會存在退稅的情形，主要是年度符合享受條件的專項附加扣除，每月預繳稅款時沒有申報扣除，或因年中就業、退職或部分月份沒有收入等原因，各項扣除不充分，或沒有任職受雇單位，僅取得勞務報酬、稿酬、特許權使用費等個人所得，需要通過年度匯算辦理各種稅前扣除。

至於台商個人會存在個人所得稅年度匯算須補稅的情形，主要是在兩個以上單位任職受雇並領有薪水，預繳稅款時重複扣除了減除費用（人民幣5,000元/月），也可能是除了工資薪金外的勞務報酬、稿酬、特許權使用費等個人所得，在各項綜合所得收入加總後，導致適用個人所得年稅率高於預扣預繳率。若系統計算出的應補稅額少於人民幣400元，則可選擇享受免申報。